Selon les premiers témoignages des soldats du commando d’élite de la marine israélienne (Shayetèt 13), les activistes pro-palestiniens étaient tellement violents et déchaînés que les soldats ont eu « l’impression de revivre le lynch de Ramallah ». Un soldat israélien raconte : « Nous avons été attaqués par des armes à feu, des poignards et des matraques ». Des passagers du bateau ont également essayé de jeter des soldats à la mer. Les soldats ont précisé qu’ils n’étaient munis au départ que de moyens destinés à disperser les émeutes, mais quand les choses ont mal tourné et qu’ils ils ont été violemment agressés, ils ont été obligés de riposter à l’arme à feu.